Kariyerine kurgucu olarak başlayan Aytekin Birkon, aralarında Dabbe: Bir Cin Vakası, Münferit, El Cin, Öz Hakiki Karakol ve Şov Bizınıs gibi filmlerinde olduğu pek çok filmin kurgusunu üstlenmiştir. 2015 yılında yeniden perdeye uyarlanan Kara Murat filmi Fatih'in Fedaisi: Kara Murat ile birlikte filmin kurgusunu üstlenmekle kalmamış ayrıca yönetmen koltuğuna da oturmuştur.