Nilperi Şahinkaya, diplomat olan babası Salim Levent Şahinkaya'nın görevinden dolayı bulunduğu Senegal'de doğdu ve ilkokul eğitimini Paris'te, ortaokul eğitimini Bern'de tamamladı. Daha sonra, 2003 yılında Ankara'ya yerleşti ve 2006'da Charles de Gaulle Fransız Lisesi'nden mezun oldu; üniversite eğitimini ise Bilkent Üniversitesi Müzik ve Sahne Sanatları Fakültesi'nde tamamladı. Nilperi Şahinkaya’nın babasının işi nedeniyle pek çok farklı ülkede yaşadı. Okul yıllarında Deniz Yıldızı adlı dizide rol aldı ve üniversiteden Yüksek Şeref listesine girerek mezun oldu. Sonrasında İstanbul'a yerleşerek Öyle Bir Geçer Zaman Ki dizisinde Mesude karakterini canlandırdı. Daha sonra Kayıp dizisinde Defne ve Sedef karakterlerini oynadı. Kiraz Mevsimi adlı dizide Şeyma karakteriyle başrolü oynadı ve N'olur Ayrılalım adlı dizide Temmuz Akıncı karakterini canlandırdı. Ayrıca Hira Tekindor'un hanedanlığı ile Oyun Atölyesi'nde sahnelenen Kim Korkar Hain Kurttan oyunu Honey karakteriyle yer aldı. Dİjital platform dizisi Aynen Aynen’de Kerem Bürsin ve Uraz Kaygılaroğlu ile birlikte başrolleri paylaştı. Yasak Elma dizisinde Cansu Yıldırım karakterini canlandıran Nilperi Şahinkaya, kariyeri boyunca farklı karakterlerde başarılı performanslar sergilemiş ve çeşitli ödüllere de layık görülmüştür: Tevfik d’Or Tiyatro Festivali’nden ayrı ayrı temsillerden En iyi Yardımcı Kadın Oyuncu ve Fransız Büyükelçisi Özel Ödülü’ne layık görülen başarılı oyuncu Kalp adlı eserde canlandırdığı performans ile 24. Sadri Alışık Tiyatro ve Sinema Oyuncu Ödülleri’nde Yardımcı Rolde Yılın En Başarılı Kadın Oyuncu ödülüne uzanmıştır. Aynen Aynen dizisindeki rolü ile 47. Pantene Altın Kelebek Ödülleri’nde En İyi Komedi Dizisi dalında Kadın Oyuncu ödülüne de aday gösterilmiştir.