1 Mayıs 1987 tarihinde İngiltere’de doğmuştur. Babası bir tiyatroda ses mühendisi, annesi ise iş kadınıdı olan Emilia Clarke ilk olarak Londra’da Oxford St Edward’s okulunda okudu. Daha sonra Londra Drama Merkezi'nde tiyatro eğitimi alarak üniversiteden mezun olan Emilia Clark, Londra Tiyatro merkezinde çeşitli oyunlarda rol aldı.Bu roller ona BBC’nin Doctors adlı dizisinde rol almasını sağladı.
Televizyondaki ilk rolü ise Dinazor Saldırısı filmindeki “Savannah” karakteriyle olmuştur. Dünya çapında üne kavuşmasını sağlayan rolü ise HBO’nun 2011 yılında başlayan Game of Thrones dizisindeki Daenerys Targaryen karakteridir. GoT dizisi dışında Emilia Clarke’ın rol aldığı bazı dizi ve filmler Dom Hemingway, Triassic Attack ve Terminatör: Genisys'tir.