Japonya'nın Heisei dönemine girmesiyle birlikte, ülkedeki yaşam her alanda değişmiştir. Bu alanlardan biri de tabii ki sinemadır. Bu filmin hikayesine göre Godzilla ilk kez insanlara II. Dünya Savaşı sırasında görünmüştür. Askerlerin karşısına henüz daha küçükken ve daha az mutasyona uğramışken çıkan Godzilla, gelecekten gelen insan tarafından engellenecektir. Ancak bu zaman yolcularının asıl amacı Godzilla'nın mutasyona uğramasını engellemek değil, Godzilla'yı yakalayarak üç küçük yaratıkla değiş tokuş etmektir. Bu üç yaratık ise King Ghidorah'dan başkası değildir.