Matrix'in sonu da ilk taslağa göre oldukça farklıydı. Ajan Smith'i durdurmak için farklı bir yöntem kullanıyordu. Ölen Neo geri uyanıyor ve parmağını şıklatarak Smith'i yok ediyordu. Zihin gücünü kullanmak yerine böyle bir film için parmak gücünü kullanmak pek hoş olmazdı...