Görevimiz Tehlike 3 ertelendikçe ertelendi. En son üç hafta önce yeniden yedi hafta ertelenmesine karar verilince filmin yönetmeni Joe Carnahan'ın tepesi attı ve projeden ayrıldı.
Filmi 2004 yazı için düşünen Carnahan'ın planlarını ilk bozan, hem başrolde oynayıp hem de yapımcılığı üstlenmiş olan Tom Cruise oldu. Geçtiğimiz yıl Michael Mann'ın Collateral'inde oymanayı kabul eden Cruise zaten otomatik olarak filmin ertelenmesine yol açmıştı. Bir de bunun üzerine yeni ertelemeler söz konusu olunca Cruise ve diğer yapımcı Paula Wagner yönetmensiz kaldılar. Her ne kadar resmi açıklama yapılmadıysa da, ikilinin baş başa verip hızlı bir şekilde yeni yönetmen arayışına girdiği söyleniyor.