Uzay Köpekleri, peşlerine düşen Ufo avcısından kurtulmak için sevimli köpeklere dönüşen uzaylılara yardım eden iki çocuk ve ebeveynlerinin hikayesini konu ediyor. İki küçük çocuk ve ebeveynleri, uzay gemilerini tamir etmektedir. Ancak bu sırada kendilerini beklenmedik bir maceranın içerisinde bulurlar. Yerel bir UFO avcısı, üç uzaylının peşine düşmüştür. Uzaylılar, avcının pençesinden kurtulmak için arkadaş canlısı köpeklere dönüşerek kaçmaya çalışır. İki küçük çocuk ve ebeveynleri, uzaylıları avcıların elinden kurtarabilecek midir?