Citadel, küresel bir tehdidi durdurmak için dünyanın dört bir yanından bir araya gelen casusların hikayesini konu ediyor. İnsanların güvenliğini sağlamaktan sorumlu olan küresel bir casus teşkilatı, dünyayı manipüle eden bir sendika olan Manticore’un görevlileri tarafından yok edilir. Sekiz yıl önce Citadel’in düşmesiyle elit ajanlar Mason Kane ve Nadia Sinh, kıy payı hayatta kalmayı başarırken hafızaları silinir. O andan itibaren yeni kimlikleriyle inşa edilen yeni hayatlarıyla geçmişten bihaber gizli bir yaşam sürerler. Ancak yeni bir dünya düzeni kurmak isteyen Manticore’u engellemek için yardıma ihtiyacı olan eski meslektaşları Bernard Orlick’in Mason’un peşine düşmesi her şeyi değiştirir. Eksi partneri Nadia’yı bulan Mason, bir yandan onunla olan tehlikeli, yalanlar, sırlar ve aşk üzerine kurulu olan ilişkisiyle uğraşırken bir yandan da Manticore’u durdurmak için harekete geçer.