Dünyanın dört bir yanından mühendisler, polis güçlerine ait güvenlik kameralarını bağlama operasyonu için deniz üstü tesis olan Pasifik Boyu’nda bir araya gelir. Pasifik Şamandırasının küresel operasyonu için Hachijo-jima adası yakınlarında bir araya gelir. Bu sırada Dedektif Çocuklar ile adayı ziyaret eden Conan, Almanya'daki Siyah Giyen Adamlar Örgütü'nde bir Europol çalışanının öldürüldüğünü öğrenir. Endişelenen Conan, Pasifik şamandırasına gizlice girer ve bir kadın mühendisin örgüt tarafından kaçırıldığını keşfeder. Ancak hepsi bu kadar değildir, okyanusun derinliklerinden başka bir tehdit ortaya çıkmaktadır.