Spy Kids: Armageddon, büyük bir tehlike ile karşı karşıya kaldıklarında ebeveynleri gibi ajan olmak zorunda kalan bir grup çocuğun hikayesini konu ediyor. Dünyanın en büyük gizli ajanlarının çocukları, güçlü bir oyun geliştiricisine tüm bilgisayar ağının kontrolünü veren bir virüsü serbest bırakmasına farkında olmadan yardım ederler. Büyük bir tehlike ile karşı karşıya kalan çocuklar, ebeveynlerini ve dünyayı kurtarmak için kendileri de casus olmak zorunda kalırlar.