Son günlerde çok sayıda geminin kaybolmasına neden olan gizemli bir canavarı araştırmak ve aramak için bir Amerikan gemisinde yapılan bir yolculukla başlar. Ancak bir hayvanın tekneye yaptığı saldırıda Profesör Aronnax, ortağı Conseil ve zıpkıncı Ned Land denize düşer. Ekip, bir ada olduğuna inandıkları yere yüzerek güvenliğe ulaşmayı başarır. Ancak ayaklarının altındaki metalik yapı bir ada değil, Kaptan Nemo'nun içinde tüm dünya denizlerinde yol almaya devam etmek zorunda kalacakları denizaltısıdır.