Yasemin ve Fidan'ın hayatları, annelik dışında ortak bir noktaları olmayan bu iki kadının kesişmesiyle başlar. 'Ne Gemiler Yaktım', iki kadının birbirlerine destek olarak hayatta kalma mücadelesini izleyicilere aktarır. Fidan, karanlık bir adam olan kocası Rutkay'ın ardında bıraktığı izleri ve onun kirli işlerini ortaya çıkarmaya çalışan baş komiser Toprak, Yasemin ve Fidan'ın yaşamlarını kökten değiştirecek olayların merkezinde yer alır.