Ninjalar, Japon tarihinin pek çok önemli döneminde var oldu; peki ya hala modern toplumda gizlice görevler üstleniyorlarsa? Günümüz Japonya'sında geçen House of Ninjas, belirli bir görevin ardından köklerini terk eden son ninja klanı olan Tawara ailesinin hikayesini anlatıyor. Aile şimdi, ülkeyi temelden sarsmakla tehdit eden, Japonya'nın şimdiye kadar gördüğü en büyük krizle yüzleşmek zorundadır.