Yeni bir çoklu evrenin kaderi Sonic’in ellerindedir. Dr. Eggman’e karşı savaşılırken bir patlama meydana gelir ve bu evrenin parçalanmasına neden olur. Hızla paralel boyutlardan geçen Sonic, arkadaşlarını bulur ve dünyayı kurtarmak için zorlu bir mücadeleye girişir.