Nagisa'ya aşkını itiraf etmesinin üzerinden geçen birkaç ayın ardından Tomoya, okulun yeni döneminde farklı insanlarla tanışmaya devam eder ve bu süreçte kendi dünyasını genişletir. Ayrıca Tomoya ve Nagisa'nın ilişkisi de eskisinden farklı bir yakınlık düzeyine girmeye başlar. Nagisa ile olan ilişkisi ve çeşitli karşılaşmaları sayesinde Tomoya, ailenin anlamını ve önemini anlamaya başlar. Ne yazık ki Tomoya ve Nagisa birlikte kendi ailelerini kurarken, yol boyunca pek çok zorluk ve zorlukla karşı karşıya kalırlar.