Caliphate, hayatları iç içe geçen insanların hikayesini konu ediyor. Ajan olan Fatima, İsveç’te bir terör eyleminin planlandığına dair bir ihbar alır. Bu konu hakkında daha fazla bilgi edinmek isteyen Fatima, bunun için elinden gelen her şeyi yapar. Fatima’nın yolu bu süreçte çaresiz bir anne ile kesişir.