Mr. Hiiragi's Homeroom, öğretmenleri tarafından rehin tutulan öğrencilerin hikayesini konu ediyor. Mütevazi bir sanat öğretmeni olan Ibuki Hiiragi yaklaşmakta olan mezuniyete hazırlanmaktadır. Kısa bir süre sonra mezun olacak öğrenciler, okuldan olaysız bir şekilde ayrılmanın derdine düşer. Ancak bu sırada beklenmedik bir olay gerçekleşir. Mezuniyete tam on gün kalan Ibuki Hiiragi, 29 öğrencisini sınıfta toplar ve onlara artık öğrenci değil kendisinin rehinesi olduklarını söyler. Ibuki Hiiragi, birkaç ay önce intihar notu bırakmadan hayata veda eden öğrencisinin ölümü ile ilgili gerçekleri ortaya çıkarmadan öğrencilerini rehin tutmaya kararlıdır.