Shogun, 1600 yılında Japonya'da, yüzyılı belirleyen bir iç savaşın şafağında geçiyor. Lord Yoshii Toranaga, yakındaki bir balıkçı köyünde mahsur kalmış gizemli bir Avrupa gemisi bulunduğunda, Vekiller Konseyi'ndeki düşmanları ona karşı birleşirken hayatı için savaşmak zorunda kalır.