Cowboy Bebop, güneş sisteminin en azılı suçlularını yakalamaya çalışan kelle avcıları’in maceralarını konu ediyor. Kelle avcısı bir grup, galaksinin en tehlikeli suçlularının peşine düşer. Spike Spiegel, Jet Black, Faye Valentine ve Radical Ed’den oluşan ekip, güneş sisteminin en azılı suçlularını yakalamaya çalışmaktadır. Kelle avcıları, yeterli miktarda bir bedel karşılığında dünyayı kurtarmak için her şeyi yapmaya hazırdır.